MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ

Endüstri Mühendisliği

 

Duyurular


 

SOSYAL MEDYA


 

CE 405 | Ders Tanıtım Bilgileri

Dersin Adı
Bioenformatiğe Giriş
Kodu
Yarıyıl
Teori
(saat/hafta)
Uygulama/Lab
(saat/hafta)
Yerel Kredi
AKTS
CE 405
Güz/Bahar
3
0
3
5

Ön Koşul(lar)
Yok
Dersin Dili
İngilizce
Dersin Türü
Seçmeli
Dersin Seviyesi
Lisans
Dersin Koordinatörü
Öğretim Eleman(lar)ı -
Yardımcı(lar)ı -
Dersin Amacı İnsan Genomu Projesi’nin ilk sonuçlarının yayınlandığı 2004 yılından itibaren yaşam bilimleri araştırmacılarının tıbbi uygulamaları temelden değiştirecek bir çok genetik bilgiye (DNA dizilim bilgisi, protein dizilimleri, yapıları v.b.) erişimi kolaylaşmıştır. Ancak bu bilgi birçok farklı ortamda/veri tabanında farklı formatlarda tutulmakta ve bu bilgilerin analizi ve kullanılabilmesi için birçok farklı algoritma ve araçtan yararlanılması gerekmektedir. Bu dersin amacı son dönemde bilgisayar biliminin en gözde araştırma konularından olan biyoenformatik alanındaki temel terminolojiyi ve problemleri tanıtmak ve bu problemlerin çözümü için geliştirilen algoritma, method ve araçlar konusunda bilinirliği/farkındalığı artırmaktır.
Öğrenme Çıktıları Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
  • Biyoenformatik problemlerini anlamak ve tanımlayabilmek için gerekli temel biyoloji konularını öğreneceklerdir.
  • Biyoenformatik araştırmalarında sıklıkla başvurulan temel veri tabanlarını tanıyacak ve veri formatları konusunda bilgi sahibi olacaklardır.
  • Biyoenformatik konusunda sıklıkla kullanılan algoritmaların teorik temellerini öğreneceklerdir.
  • Genomik bilginin analizinde ve genom boyutunda analiz çalışmalarında kullanılan temel istatistiksel yöntemleri ve PLINK programını öğreneceklerdir.
  • Biyoenformatik araştırmacılarının favori programlama dillerinden Python dili konusunda giriş seviyesinde bilgi sahibi olacak, ilgili Python kütüphanelerini tanıyacak ve öğrendikleri algoritmaları Python’da uygulama imkanı bulacaklardır.
Tanımı Bu ders biyolojik sekans (DNA, RNA, protein) analizi; moleküler yapı öngörüsü; fonksiyonel genomik, farmakogenomik ve proteomik; biyolojik yolaç analizi konularındaki algoritma ve methodlarla biyoenformatik araçları/yazılımları konularını kapsar.

 



Ders Kategorisi

Temel Meslek Dersleri
Uzmanlık/Alan Dersleri
Destek Dersleri
İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri
Aktarılabilir Beceri Dersleri

 

HAFTALIK KONULAR VE İLGİLİ ÖN HAZIRLIK ÇALIŞMALARI

Hafta Konular Ön Hazırlık
1 Giriş, dersin tanıtımı, biyoenformatik temel konular Ders notları
2 Temel biyoloji bilgileri, DNA yapısı, gen, Central dogma, protein Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014 Chp. 1 N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004 Ch.3
3 Hücre yapısı ve Kalıtım Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014 Chp. 2 J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006. Ch.10,11
4 SNP ve haplotip analizi, yeni nesil dizileme, Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014 Chp. 3 N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004 Ch.8
5 Biyoloji veri tabanları ve bankaları, veri formatları Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014 Chp. 5 J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006. Ch.2
6 FASTA, BLAST ve BLAT Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014 Chp. 6 J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006. Ch.4; S. Bassi, Python for Bioinformatics, CRC Press , 2010 Ch. 15
7 Sıralama algoritmaları, sıralamanın istatistiksel önemi N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004 Ch.6; J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006. Ch.3
8 Çoklu dizi sıralaması, ve filogenetik Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014 Chp. 2 J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006. Ch.5,6; N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004 Ch.11
9 Ara sınav J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006. Ch.13,14,16; N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004 Ch.8
10 Yapısal biyoenformatik, protein yapısı, yapı tahmini Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014 Chp. 8 J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006. Ch.13,14,16; N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004 Ch.8
11 Genom işaretleme N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004 Ch.6; J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006. Ch.6
12 RNA katlanması ve motif analizi Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014 Chp. 7 ve ders notları
13 Ara Sınav
14 Biyoenformatik programlamaya giriş Ders notları
15 Dönemin gözden geçirilmesi
16 Proje sunumları

 

Dersin Kitabı

Önerilen ancak zorunlu olmayan kaynaklar: (1) Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014 (2) N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004 (3) J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006. (4) S. Bassi, Python for Bioinformatics, CRC Press , 2010.

Diğer Kaynaklar Sağlanacak farklı araştırma makaleleri.

 

DEĞERLENDİRME ÖLÇÜTLERİ

Yarıyıl İçi Çalışmaları Sayı Katkı Payı %
Derse Katılım
1
10
Laboratuvar / Uygulama
Arazi Çalışması
Küçük Sınavlar / Stüdyo Kritiği
Ödev
4
10
Sunum / Jüri Önünde Sunum
Proje
1
30
Çalıştay
Ara Sınav / Sözlü Sınav
2
30
Final Sınavı / Sözlü Sınav
1
20
Toplam

Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı
8
80
Yarıyıl Sonu Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı
1
20
Toplam

AKTS / İŞ YÜKÜ TABLOSU

Aktiviteler Sayı Süresi (Saat) İş Yükü
Teorik Ders Saati
(Sınav haftası dahildir: 16 x toplam ders saati)
16
3
48
Laboratuvar / Uygulama Ders Saati
Sınav haftası dahil değildir. 16 x uygulama/lab ders saati
16
Sınıf Dışı Ders Çalışması
16
1
Arazi Çalışması
Küçük Sınavlar / Stüdyo Kritiği
Ödev
4
2
Sunum / Jüri Önünde Sunum
Proje
1
25
Çalıştay
Ara Sınavlar / Sözlü Sınavlar
2
17
Final / Sözlü Sınav
1
19
    Toplam
150

 

DERSİN ÖĞRENME ÇIKTILARININ PROGRAM YETERLİLİKLERİ İLE İLİŞKİSİ

#
Program Yeterlilikleri / Çıktıları
* Katkı Düzeyi
1
2
3
4
5
1 Benzetim, eniyileme, olasılık ve istatistik gibi Endüstri Mühendisliği kavram ve tekniklerini üretim ve hizmet sistemlerinde kullanarak yönetimsel karar verme işlemlerini iyileştirmek, kalite bilincini oluşturmak, elde edilen verileri yorumlayabilmek ve değerlendirebilmek
2 Bütünleşik işleri veya iş sistemlerini ihtiyaçları doğrultusunda çeşitli alternatifler üreterek ve değerlendirerek sistem bakış açısı ile tasarlayabilmek
3 Endüstri Mühendisliği ile ilgili uygulamada karşılaşılan konuları/sorunları tanımlayabilmek, analiz edebilmek, kanıtlara ve araştırmalara dayalı çözüm önerileri geliştirebilmek
4 Nicel analiz ve eleştirel düşünce yöntemlerini kullanarak kaynak aktarımı, üretim planlaması ve çizelgelemesi, kalite kontrol ve güvence, finansal analiz ve risk analizi vb. Endüstri Mühendisliği ile ilgili konularda sorunları belirleyebilmek; bu sorunlar için alternatif çözümler üretebilmek ve alternatif çözümler içinden sistem gereksinimlerine cevap verecek en iyi çözümleri bulmak
5 Uygulamada karşılaşılan ve öngörülemeyen karmaşık sorunları çözmek için bireysel ve grup üyesi olarak sorumluluk alabilmek, sorumluluğu altında çalışanların veya grup çalışanlarının mesleki gelişimine yönelik etkinlikleri planlayabilmek ve yönetebilmek
6 Endüstri Mühendisliği alanında edindiği bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirebilmek, öğrenme gereksinimlerini belirleyebilmek ve öğrenmesini yönlendirebilmek
7 Endüstri Mühendisliği ile ilgili konularda ilgili kişi ve kurumları bilgilendirebilmek; düşüncelerini ve sorunlara ilişkin çözüm önerilerini yazılı ve sözlü olarak aktarabilmek ve nicel ve nitel verilerle destekleyerek uzman olan ve olmayan kişilerle paylaşabilmek
8 Bir yabancı dili kullanarak Endüstri Mühendisliği ilgili bilgileri izleyebilmek ve meslektaşları ile iletişim kurabilmek (“European Language Portfolio Global Scale”, Level B1)
9 Endüstri Mühendisliği ile ilgili bilgisayar yazılımlarını kullanabilmek ve uygulamada karşılaşacağı bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanabilecek bilgi ve beceriye sahip olmak (“European Computer Driving License”, Advanced Level)
10 Sosyal hakların evrenselliğine değer veren, sosyal adalet bilinci kazanmış, kalite yönetimi ve süreçleri ile çevre koruma ve iş güvenliği konularında yeterli bilince sahip olmak
11 Endüstri Mühendisliği ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, duyurulması ve uygulanması aşamalarında toplumsal, bilimsel ve etik değerlere sahip olmak

*1 Lowest, 2 Low, 3 Average, 4 High, 5 Highest

 


HABERLER